В 1573 году, после завершения добровольного вхождения в состав Русского государства основной части Башкирии, башкиры обратились к Ивану Грозному с просьбой о строительстве крепости на их земле.

Построенное по указу Ивана Грозного русскими стрельцами поселение быстро росло, и в 1586 году упоминается оно уже как город.

В XVII—XVIII веках из города-крепости Уфа постепенно превратилась в экономический и административный центр края. 1708 г. - Уфа в составе Казанской губернии. 1728 г. - центр Уфимской провинции, с воеводой, которой непосредственно подчинялся Сенату. В 1744 году Уфа была приписана к Оренбургской губернии. С 1802 года Уфа - губернский город с резиденцией губернатора и губернских учреждений.

С 1865 года Уфа - центр Уфимской губернии.

в XIX веке в Уфе появилась промышленность. В середине XIX века здесь насчитывалось больше десятка кожевенных и других заводов. Новый импульс развитию города дали строительство в 1888—1892 гг. Самаро-Златоустовской железной дороги (современной Куйбышевской) и в 1870 году открытие регулярного судоходства по реке Белой.

Появились судоремонтные и железнодорожные мастерские, паровые мельницы, лесопильные заводы. В конце XIX века в Уфе насчитывалось уже около 30 заводов и фабрик (в т.ч. деревообделочные, переработка сельскохозяйственного сырья, силикатные производства и др.), процветала торговля мясом и хлебом.

Декабрь 1918 г. - Уфа занята войсками Красной Армии, но 13 марта 1919 года войска Колчака захватили город, а 9 июня того же года он снова отбит красными.

14 июня 1922 года упразднение Уфимской губернии. Уфимский, Белебеевский, Златоустовский и Бирский уезды Уфимский губернии включены были в состав Автономной Башкирской Социалистической Советской Республики. Сюда также включены Сыростанская, Тургоякская, Миасская волости и г. Миасс Миасского уезда Челябинской губернии. В Челябинскую губернию из Малой Башкирии передан Яланский кантон. В 1920 году Мензелинский уезд Уфимской губернии включен в состав образованной Автономной Татарской Социалистической Советской Республики. Уфа - официальная столица Автономной Башкирской Социалистической Советской Республики.

В 20—30-х гг. XX века стремительное развитие города, в 16 раз увеличилась валовая продукция промышленности. В строй вступил Уфимский промышленный комбинат (в т.ч. спичечная и фанерная фабрики, дубильно-экстрактный и лесопильный заводы), предприятия пищевой и лёгкой промышленности. В период первой пятилетки построены ТЭЦ и Уфимский моторостроительный завод. После открытия башкирской нефти в 1939 году сооружён Уфимский нефтеперерабатывающий завод.

В годы Великой Отечественной войны из западных регионов СССР в Уфу были эвакуированы промышленные предприятия, государственные учреждения, научно-исследовательские институты, писатели Украины, сотрудники Коминтерна и проч.

В послевоенные годы в Уфе были построены новые нефтеперерабатывающие заводы: Ново-Уфимский - второй , и через несколько лет — третий. В это же время в городе получают развитие машиностроение и химическая промышленность.

На сегодняшний день Уфа — это крупнейший центр нефтепереработки на Урале и в Поволжье, а также крупный транспортный узел, культурный, научный и религиозный центр России.